La pérennité de la grande Alose dépend, entre autres, de la qualité physico-chimique du fleuve. L’analyse de la qualité de l’eau passe par la surveillance de la température, de la concentration et de la saturation en oxygène dissous, du pH, de la turbidité ou encore de la conductivité. Ces mesures sont effectuées plusieurs fois au cours de la saison, sur la Garonne et son affluent rive droit (le Lot) à l’aide d’une sonde multi-paramètres et/ou d’un oxymètre.
Pour compléter ces mesures, Il est régulièrement fait appel à un laboratoire, qui est chargé d'analyser diverses autres molécules (pesticides, métaux lourds, etc.) dans l'eau et les sédiments.
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Les mesures prélevées permettent d’évaluer la qualité de l’eau, et d’identifier les conditions dans lesquelles se déroulent la migration et la reproduction de la grande Alose.
Le débit est lui aussi un facteur pouvant influencer la qualité de l’eau et le cycle de vie de la grande Alose. Ce dernier est donc lui aussi suivi et relevé régulièrement, au niveau des différentes stations implantées à proximités des zones de fraie de l'espèce.
Lieu où les poissons se reproduisent.
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